Sur le plan répressif, l'État côtier exerce sa compétence civile et pénale à bord des navires qui exercent le droit de passage inoffensif. En effet, seuls les navires de guerre bénéficient d'une immunité absolue. La compétence de juridiction de l'État côtier est établie en ce qui concerne la répression des infractions commises à bord pendant le passage en général ; l'État côtier peut procéder à des arrestations et à l'accomplissement des actes d'instruction à bord de navires lors du passage du navire dans la mer territoriale en venant des eaux intérieures. Il s'agit d'une règle déjà consacrée lors de la convention de 1958 à Genève. La seule limite à la compétence répressive de l'État côtier est relative aux actes d'arrestation ou d'actes d'instruction pour des infractions commises avant l'entrée dans la mer territoriale sur les navires qui passent dans la mer territoriale sans pénétrer dans les eaux intérieures.