Exception à l'exclusivité de la compétence territoriale de l'État riverain, le régime du passage en transit ne constitue pas pour autant une atteinte ou une violation à ce droit. La règle interdisant les activités autres que celles inhérentes au transit continu et rapide ne s'impose pas comme une condition du passage. Mais les navires de pêche ne peuvent pas déployer leurs filets ni procéder à leurs activités pendant le passage en transit, tandis que la condition selon laquelle les navires se déplacent selon leur mode normal de navigation peut être invoquée pour justifier le passage en immersion des sous-marins. Par ailleurs, aux termes des paragraphes 2 et 3 de l'article 39 de la convention de 1982, les navires en transit doivent se conformer